Na construção do Modelo Pedagógico do Programa Ensino Integral, quatro princípios educativos fundamentais foram eleitos para orientar a constituição das suas metodologias, sempre como referência a busca pela formação de um jovem autônomo, solidário e competente. São estes os quatro princípios: - A Educação Interdimensional, A Pedagogia da Presença, Os 4 Pilares da Educação para o Século XXI e o Protagonismo Juvenil.

Na operacionalização desse modelo pedagógico a escola terá: currículo integralizado e diversificado, com matriz curricular flexível e as aulas e atividades complementares se desenvolverão com a participação e a presença contínua dos estudantes, professores e equipe gestora em todos os espaços e tempos da escola.
Desse modo, o modelo pedagógico do Ensino Integral consolida inovações em conteúdo, método e gestão, operadas por meio dos Modelos Pedagógico e de Gestão com suas respectivas metodologias. As bases para a formulação do Modelo encontram-se fundamentalmente ancoradas na visão de ser humano e de sociedade que emana Artigo 2º da Lei de Diretrizes e Bases (LDB 9394/96) e do Artigo 3º da Constituição Federal.

O grande diferencial deste modelo é a oferta das condições para elaboração de um Projeto de Vida. Trata Protagonismo Juvenil como um dos princípios educativos que sustenta o modelo e que se materializa nas suas práticas e vivências.
A educação proposta neste modelo tem como objetivo principal desenvolver jovens autônomos, solidários e competentes, com oferta de espaços de vivência para que eles próprios possam empreender a realização das suas potencialidades pessoais e sociais.

Diante das oportunidades que surgem no seu cotidiano escolar, os jovens deverão ser capazes de compreender as exigências da sociedade contemporânea com a aquisição de conhecimentos e desenvolvimento de competências e habilidades específicas asseguradas a partir das ofertas das condições para construção dos projetos de vida dos seus alunos, realizados por meio da excelência acadêmica, da formação para valores e da formação para o mundo do trabalho.

Para formar um jovem autônomo, solidário e competente, é preciso conceber outros espaços educativos onde o jovem seja tratado como sendo fonte de iniciativa, liberdade e compromisso. As inovações em conteúdo, método e gestão se materializam nas práticas educativas (e não apenas no currículo), na diversificação de metodologias pedagógicas e na introdução de processos de planejamento, acompanhamento e avaliação das atividades meio e fim da escola respectivamente.

O Protagonismo Juvenil é um dos princípios educativos que sustentam o modelo. O Projeto de Vida é simultaneamente o foco para onde deve convergir todas as ações da escola e a metodologia que apoiará o estudante na sua construção; Disciplinas Eletivas é estratégia para ampliação do universo cultural do estudante; Acolhimento é a estratégia para sensibilização do estudante em torno do novo projeto escolar, bem como, o ponto de partida para materialização de seu sonho; avaliação, nivelamento, orientação de estudos e atividades experimentais em matemática e ciências são estratégias metodológicas para a realização da excelência acadêmica.